Ett av de allra bästa sätten att ta sig till Linköping är att åka tåg. Eftersom Linköping ligger på vägen mellan Stockholm och Malmö är trafiken väldigt frekvent. Detta innebär inte bara att tågen går ofta från Linköping. Det innebär också att Linköping har billigare tågbiljetter än de flesta andra städer. Om man vill ha riktigt billiga tågbiljetter är knepet att köpa dem antingen ett par veckor innan avgång eller 24 timmar innan. Då kan biljetterna i bästa fall gå under hundralappen.
Med tåget X2000 tar det ungefär en timme och 40 minuter att åka från Stockholm till Linköping. Med samma tåg tar det från Linköping till Malmö runt två timmar och 50 minuter. Förutom de vanliga SJ-tågen går även Snälltåget mellan Malmö och Stockholm året runt, med ett stopp i Linköping. Tåget stannar även vid alla större orter och knytpunkter längs södra stambanan. Några av stationerna är Södertälje, Norrköping, Nässjö, Alvesta, Hässleholm, Eslöv och Lund. Den som vill åka från Kalmar och Västervik till Linköping kan istället ta Kustpilen. Även om det inte finns några direktlinjer mellan Linköping och de norra delarna av Sverige, går det självklart bra att komma till Linköping därifrån med tåg. Då kan man helt enkelt byta tåg i exempelvis Stockholm eller vid en annan knytpunkt.
Den som vill köpa en biljett för att åka från Linköping kan göra det i en av de biljettautomater som finns på Linköpings centralstation. Där kan man även hämta ut sina biljetter. För att ta sig in till staden från stationen kan man ta en promenad eller en cykeltur på bara ett par minuter. Den som istället vill ta buss in mot stadskärnan kan göra det.